První písemná zmínka o původním sídlišti údajně pochází z roku 1220. Lomnice nad Lužnicí vznikla pod stejnojmenným hradem, který je poprvé doložen v přídomku jejího majitele Oldřicha z Lomnice roku 1265. Jméno má původ v názvu potoka, nad kterým leží a jenž je zmiňován roku 1367 (Lomnicze rivulus). Je odvozeno ze staročeského přídavného jména lomná, tj. voda lomozná, hlučná nebo představující mnohokrát lomený potok. Od konce 18. století (1789) je přidáván neshodný přívlastek-nad Lužnicí, ačkoliv řeka je od města vzdálena 2,5 km.