Kostel odrážející se už několik staletí na hladině rybníka Vajgar se dodnes právem řadí mezi skvosty jihočeské gotiky. Jeho architektura však nebyla nikdy jednotná, vznikala totiž v řadě dílčích stavebních úprav po téměř dvě stě let.

Stavba kostela pod patronací řádu německých rytířů byla zahájena po polovině 13. století na místě starší románské svatyně. O významu nového kostela svědčila i účast královské písecko-zvíkovské stavební huti, která prokazatelně pracovala na závěru jižní lodi. Kostel zasvěcený sv. Janu Křtiteli byl původně zamýšlen jako trojlodí, tato myšlenka však byla později redukována a severní boční loď nikdy nevznikla. Řád minoritů, který přišel do Hradce kolem roku 1320, dostal ke správě nedokončenou svatyni a pokračoval v její dostavbě prodlouženým presbytářem. Zároveň začal i s výstavbou kláštera a kapitulní síně. Stavba kostela byla v druhé polovině 14. století završena dalším skvostem jihočeské gotiky tzv. Mikulášskou kaplí. Naopak gotická podoba kláštera byla dokončena až v 80. letech 15. století.

Prostor hlavní lodi kostela byl původně uzavřen plochým trámovým stropem, zaklenutí hvězdovou klenbou bylo provedeno ke konci 15. století. I v dalších stoletích si kostel uchoval svou gotickou podobu, byl doplněn pouze vnitřním renesančním a barokním inventářem. Pozoruhodný je rozsah dochované výzdoby kostela řadící se k nejvýznamnějším projevům českého nástěnného malířství první i druhé poloviny 14. století. Nejcennější malby jsou umístěny v závěru presbytáře a v horní polovině hlavní lodi kostela. Výjevy v hlavní lodi představují scénu Zvěstování v čelní stěně triumfálního oblouku a několikametrové postavy apoštolů s atributy. Jednotlivé postavy apoštolů obklopují iluzivní věže, pokřivené stromy, některé jsou lemovány geometrickými a vegetabilními motivy. Dekorace ve špaletách oken je zajímavá svým členěním, v níž převažují čtverce, často vyplněné různými monstry, hybridy a lidskými postavami vykazujícími různé deformace. Podobné náměty se často objevovaly jako výzdoba okrajů psaného textu v západoevropských rukopisech. Díky malbám tak máme možnost proniknout do světa středověkého člověka, obklopeného na jedné straně křesťanskou vírou a na druhé pověrami a mystikou.
Figurální výmalba okenních špalet a triumfálního oblouku kostela sv. Jana Křtitele je v českém prostředí ojedinělá. Naopak geometricky členěná výmalba se dochovala například v presbytářích kostelů ve Žďáru u Blovic nebo v Chrástu nad Sázavou.
Jakub Valášek