Ještě v roce 1889 naposledy rozprostřel svůj stan na takzvané Panské zahradě cirkus Bernhard. Dosud se v těchto místech konaly různé zábavy, byla zde kuželna a taneční sál. Na začátku následujícího roku, konkrétně 10. ledna 1890, byla obecním zastupitelstvem zadána stavba nemocnice stavitelům Purkartovi a Černému. Stavba byla dokončena 13. srpna 1892. O pět měsíců později, konkrétně 8. ledna 1893 byla vysvěcena a předána veřejnosti k užívání Všeobecná veřejná nemocnice Františka Josefa I. Slavnostním řečníkem byl při této příležitosti starosta Dr. Václav Naxera, který vysvětloval církevní akt vysvěcením tím, že v těchto síních budou společně pracovat kněz a lékař, aby zjednali nemocným zdraví těla a duše.
Celý ústav se skládal z hlavní budovy (dnešní pavilon B), pavilonu pro infekční nemoci, umrlčí komory a kuchyně. Hlavní budova nemocnice měla dvě patra. Prvním primářem nemocnice byl MUDr. Bedřich Budil. Pracoval s ním ještě jeden lékař a ošetřovatelky, ale ty bez patřičného vzdělání. Doktora Budila vystřídali ve vedení ústavu MUDr. Josef Khek a MUDr. František Hrudička.
V nemocnici byl nedostatek ošetřovatelek, ale až roku 1905 byla uzavřena smlouva mezi správním výborem nemocnice a představenou řádu Milosrdných sester sv. Karla Boromejského. Jeptišky nejen ošetřovaly nemocné, ale staraly se i o stravu a úklid. Za to jim nemocnice poskytovala plat, ubytování, jídlo a sestry měly také k dispozici místnost pro domácí kapli. V roce 1918 nastoupil do čela jindřichohradecké nemocnice profesor válečné chirurgie MUDr. Emanuel Rychlík. Poprvé v čele ústavu stál specialista a chirurg, což se brzy projevilo na vzrůstající důvěře nemocných. Zatímco před válkou ošetřila nemocnice 1100 – 1200 nemocných, v roce 1921 to bylo už 2030 pacientů ročně a počty stále stoupaly. MUDr. Emanuel Rychlík patřil ve své době mezi nejpřednější chirurgy světa a jako první úspěšně sešil poraněné srdce a léčil poranění mozku. V roce 1925 primář Rychlík odešel do písecké nemocnice a vystřídal ho MUDr. Oldřich Kolín. Ten byl mezi pacienty velmi oblíbený a dojížděli za ním ze širokého okolí.
Na další stavební činnost si jindřichohradecká veřejnost i zdravotníci museli počkat až do roku 1936, kdy 8. března byla slavnostně otevřena a předána do užívání hospodářská budova, která svému účelu slouží dodnes. Po předání hospodářské budovy do užívání stavební firmy pokračovaly ve stavbě chirurgicko-gynekologického pavilonu, který byl předán do užívání v roce 1938.
Primář MUDr. Oldřich Kolín zemřel v listopadu 1938. Na jeho místo byl potom zvolen MUDr. Josef Bašek, ale ten byl brzy nato německou správou města sesazen a nemocnici vedl Němec MUDr. Mahner. Spolu se svým zástupcem MUDr. Friedbergerem vystupovali okázale jako uvědomělí nacisté a ani po stránce odborné nebyli nejlépe hodnoceni. Není se tak čemu divit, že mezi českým obyvatelstvem rychle mizela důvěra v nemocnici a kdo mohl, dal přednost českým lékařům v nemocnici v Počátkách. Po roce 1945 po osvobození republiky bylo vynaloženo všechno úsilí lékařů i veřejné správy, aby se vrátila ztracená důvěra a aby se získaly kvalifikované a schopné síly. Nemocnice měla dva primáře, primářem chirurgie byl MUDr. Josef Bašek a primářem interny se stal MUDr. Jiří Herrmann. Nejoblíbenější specializací pro něj byla kardiologie, ale zvládal velmi dobře i gastroenterologii a pneumologii. Výtečně ovládal rentgenologické vyšetření plic formou skiaskopie. MUDr. Jiří Herrmann vychoval za 25 let svého primariátu více jak stovku lékařů.
V roce 1950 došlo k rozdělení chirurgie a gynekologie na dvě samostatná oddělení. Primářem chirurgie se stal MUDr. Zdeněk Cepek a gynekologicko-porodnického oddělení MUDr. Josef Bašek. V tomto roce také z budovy bývalé vojenské nemocnice vznikla interna a postupně krční, oční a kožní oddělení. Po sjednocení zdravotní péče v prosinci 1951 přestala v Jindřichově Hradci fungovat soukromá lékařská praxe.
Výraznou osobností nemocnice byl od 60. let nástupce primáře MUDr. Jiřího Herrmanna MUDr. Antonín Kaisler. Na interní oddělení nastoupil hned po promoci a věnoval nemocnici celý produktivní život. Byl tvůrčí a hybnou silou interny, iniciátorem nových vyšetřovacích a léčebných postupů a pokračovatelem takzvané Pelnářovy školy. V Jindřichově Hradci byl prvním, kdo zavedl do praxe endoskopické vyšetření jícnu, žaludku a dvanácterníku a také uvedl v život rozvíjející se obor nefrologie. Jeho doménou ale byla zejména kardiologie.
Významným mezníkem v historii jindřichohradeckého zdravotnictví se stalo dokončení výstavby polikliniky s lékárnou, která byla slavnostně předaná veřejnosti k 40. výročí osvobození v květnu roku 1985. Moderně řešené bloky polikliniky obsáhly kromě zmiňované lékárny pavilon pro dospělé, rehabilitaci a dětské oddělení, celkem 47 lékařských pracovišť.
Jak to vypadalo se zdravotnictvím v Jindřichově Hradci před otevřením veřejné nemocnice a jakými dalšími změnami prošla Nemocnice Jindřichův Hradec po roce 1989 si přečtěte ve zpracovaném přehledu historie zdravotnictví v našem městě zde: Vývoj zdravotnictví v Jindřichově Hradci od špitálu a chorobince po moderní nemocnici 21. století