Český panovník Václav IV. navštívil osobně Lomnici roku 1382. Udělením královských práv ji povýšil na město a povolil ohrazení hradbami, věžemi a příkopem. Další vlastník, císař Zikmund dal hrad i město do zástavy Janovi z Hradce, avšak roku 1420 se po čtyřdenním obléhání posádka vzdala Janu Žižkovi, který zde ustanovil hejtmanem slavného Jana Roháče z Dubé.
Po Lipanech zůstalo město v moci Táborů. Proto je Oldřich z Rožmberka oblehl a spolu s budějovickými spojenci setrvali v podhradí plných devět měsíců.
Teprve na podzim roku 1435 se obránci dobrovolně vzdali a mohli svobodně odejít. Nový majitel Oldřich z Rožmberka nechal hrad ihned rozbořit, což vedlo k rozepři s Janem z Hradce a s Janem z Ústí, kteří měli na město skutečný nárok. Spor byl ukončen v roce 1441, kdy pan Oldřich své soupeře vyplatil a Lomnice se tak stala trvalým vlastnictvím Rožmberků až do roku 1611. Ke zboží lomnickému tehdy patřily Přeseka, Slověnice, Sádek, Ševětín, Vitín, Lužnice, Štěpánovice a Lišov. Následné rožmberské období patří k nejšťastnějším periodám lomnické historie. Nejvýznamnějším činem, jímž se páni z Růže zapsali do zdejších dějin, byla výstavba rybníků, které se staly klenotem zdejší krajiny.
Již roku 1490 byl Vokem z Rožmberka založen rybník Koclířov. V následujících letech založil Vok se svým bratrem Petrem další velký rybník – Tisý. Prvním významným stavitelem rybníků v této oblasti byl Štěpánek Netolický. Kromě stavby několika velkých rybníků vybudoval Zlatou stoku (1506). Tento umělý průplav, dlouhý 42.6 kilometru, napájí velkou část přilehlých rybníků čerstvou vodou. Rozvoj rybníkářství pokračoval i v desetiletích následujících. Zvláště za vlády Viléma z Rožmberka v druhé polovině 16. stol. dosáhlo toto řemeslo svého vrcholného rozkvětu. Jeho rozmach je spojen především se jménem proslulého Jakuba Krčína z Jelčan, jehož talent vtiskl jihočeské krajině a Lomnicku zvlášť ráz jezerní krajiny.
Založil rybníky Potěšil, Skutek, Krčín a u Smržova vystavěl novou stoku Krčínku. Jeho umění vyvrcholilo založením nejmohutnějšího rybníka na třeboňském panství – Rožmberka. Dnes patří mezi největší rybníky na Lomnicku především ty, které vznikly v rožmberské éře. Hlavně se jedná o Dvořiště s pozoruhodnou kamennou propustí a hrází. Rybník se připomíná sice již ve 14. století, ale upraven byl později. K dalším skvostům patří výše uvedený Koclířov, Velký Tisý, Káňov a Záblatský. Menší jsou Flukhaus a Černičný. Od Klece k severu až k Vlkovu leží uprostřed lesů řada menších rybníků, které téměř splývají v jednu vodní plochu, přerývanou jen úzkými hrázemi a alejemi dubů.
Zajímavá a krásná jsou i jejich jména: Vlkovský, Krajina, Nový, Překvapil, Rod, Naděje, Víra, Láska, Měkký, Strakatý, Skutek, Dobrá vůle a Blaník.
O hospodářském růstu rožmberské Lomnice svědčí i stavba pivovaru (1560), ve kterém od roku 1582 působil po tři roky jako písař samotný básník Šimon Lomnický z Budče. O další rozkvět města se zasloužil především Petr Vok z Rožmberka, který lomnickým vylepšil právo tržní, várečné a silně omezil i robotní povinnosti.
Zdroj: Město Lomnice nad Lužnicí