Neuplynulo ještě ani půl roku nového století, když město postihla nečekaná pohroma. Obrovský požár výrazně narušil poklidný život města a hluboce zasáhl do osudů jeho obyvatel, ale znamenal zároveň možnost nového rozvoje odpovídajícího soudobým trendům. Po nezbytných opravách a přestavbách budov poškozených ničivým požárem se v následujících obdobích město rozrůstá a modernizuje, zejména v posledních dvou desetiletích 19. a počátku 20. století. Nové impulzy pak přinesl vznik samostatného Československa a rovněž období od 60. let minulého století, kdy v souvislosti s rozmachem průmyslové výroby vzrůstá počet obyvatel, pro něž postupně vznikají nová jindřichohradecká sídliště i nové ulice rodinných domů.

V úterý 19. května 1801 se v Jindřichově Hradci jako významném obchodním středisku konal výroční trh, město bylo přeplněno kupci, formanskými vozy, kramářskými boudami i návštěvníky z širokého okolí. Krátce před jedenáctou hodinou zpozoroval městský strážník Jakub Holeček hustý dým, který vycházel z domu v rohu náměstí při ústí Svatojanské ulice, kde měl svou dílnu kotlář Hieber. Než však mohl přivolat pomoc, zachvátily plameny i střechy okolních domů. Naneštěstí bylo veliké sucho, již několik týdnů údajně nepršelo a svou neblahou roli sehrál i prudký vítr. Např. ve Wiener Zeitung se tenkrát psalo, že se oheň „větrem rozšířil tak rychle a mocně, že během jediné čtvrthodiny stály v plamenech nejen všechny domy v okolí náměstí, ale i boudy a trhové stánky. Všechny pokusy o uhašení požáru a záchranu města byly proti zuřícímu větru bezvýsledné a zakrátko se vše uvnitř městských hradeb stalo obětí plamenů“. Do Svatojanské ulice se sice měšťanům podařilo dopravit velkou stříkačku, ale žár ohně byl již tak velký, že ji museli zkázonosnému živlu nechat napospas. Obyvatelé předměstí se vydali městu na pomoc, ale radní František Graas nechal zavřít městské brány. Chtěl prý předejít možným krádežím a zabránit útěku obyvatel, kteří byli potřeba při hašení. Jeho nápad však způsobil nevýslovný zmatek, oheň se šířil dál a zanedlouho zachvátil i Nové město s františkánským klášterem, hořet začal i dřevěný most přes Nežárku. Jestliže se měšťané i obchodníci zpočátku snažili zachránit alespoň část svého majetku, brzy toho museli nechat a prchali hořícími ulicemi pryč z města.
„Byl to nepopsatelně hrozný bolestný pocit,“ zapsal si jindřichohradecký tiskař Josef Alois Landfras, „když jsem třetího dne z blízké vsi Buku… do města sotva ještě k poznání jsoucího přišel a svůj dům musel hledati zasypaný pod hromadou sutin, z níž ještě tu a tam plamínky, zbytky strašlivého živlu vyšlehovaly.“ Neúprosný oheň, jehož poslední plameny bylo prý možné spatřit ještě po čtrnácti dnech, proměnil ve třech dnech dvě třetiny města v žalostné trosky. Podařilo se sice zabránit rozšíření požáru na zámek, ale zničeno bylo 318 domů, farní kostel i s proboštstvím, bývalá jezuitská kolej a budova semináře, radnice, městský špitál u kostela sv. Jana Křtitele, kostel i klášter františkánský, klášteříček a řada dalších objektů. Mistři krejčovského cechu si zapsali, že „všechny mohovitosti, všecko řemeslné náčiní i suroviny, též všeliké zboží bylo v nic obráceno, a tedy tím nešťastným způsobem přes tisíc rodin do největší chudoby uvedeno bylo“.
Těžce postižené město se ale z kruté rány postupně zotavilo. Měšťané se za finanční i materiální podpory vrchnosti i státu a jeho občanů pustili houževnatě a s velkým úsilím do obnovy svých domů, takže do zimy všichni opět bydleli pod vlastní střechou. Krutá rána, jež město na začátku století postihla, se pak zároveň stala impulzem pro jeho nový rozvoj.
V prvních desetiletích 19. století se Jindřichův Hradec začal postupně proměňovat. Historické jádro, budované po staletí, sice zaujímalo stále stejný půdorys, ale město pomalu ztrácelo podobu do té doby stále ještě středověce vyhlížejícího historického sídla.
Nejvýraznější zásahy se projevily na obvodu historického centra, označovaného tehdy jako „Stadt“, tedy město, kde stály důkladné městské hradby z kamenného zdiva s několika mohutnými baštami a třemi městskými branami. Od středověku chránily obyvatele spolu s přiléhajícím rybníkem Vajgarem a tokem řeky Nežárky, mezi nimiž byl na severním okraji vybudován hluboký příkop. V nové době však rozsáhlé opevnění přestalo plnit svou někdejší důležitou roli a spíše bránilo v dalším rozvoji města. Velký požár města pak jen uspíšil jejich rozebrání, zasypání městského příkopu a stržení dvou nejdůležitějších městských bran.
První z nich stávala při ústí Panské ulice na Masarykově náměstí. Říkalo se jí Novoměstská, protože se za ní rozkládala druhá městská čtvrť, Nové město, nebo také Pražská, podle směru cesty na sever k české metropoli. Materiál ze stržené brány posloužil místnímu ostrostřeleckému sboru k vystavění nové kamenné budovy Střelnice, neboť tu dřívější dřevěnou zcela zničil požár.
Druhá brána stávala na opačném konci historického jádra města před mostem přes Vajgar. Označovala se jako Rybnická, za ní se totiž nacházelo předměstí zvané Rybnické, nebo též Vídeňská, opět podle cesty vedoucí k hlavnímu městu habsburské monarchie. I ona bránila dopravním nárokům nové doby, zejména budování nové císařské silnice z Prahy do Vídně. Do současné doby se z původních bran dochovala jen ta, která překážela nejméně, Nežárecká. Své jméno dostala po další čtvrti, Nežáreckém předměstí, ale i jí se říkávalo podle směru cesty, totiž Linecká.
Rovněž materiálu z městských hradeb využili obyvatelé města ke stavbě kamenných domů, některé z bašt byly využity k bydlení, zajímavý osud měla ta, která stála nad vyústěním městského příkopu do řeky Nežárky. Nejdříve sloužila jako vězení, pak v ní byl zřízen lazaret a později nemocnice, na konci 19. století byla krátce využívána jako budova školní, následně jako knihovna a čítárna, až byla ve třicátých letech 20. století přestavěna podle projektu jindřichohradeckého architekta Antonína Mečíře na moderní vilu pro rodinu primáře zdejší nemocnice, MUDr. Oldřicha Kolína, ve druhé polovině 20. století v ní pak byly umístěny městské jesle.

Někdejší hradební příkop mezi historickým centrem města a Novým městem byl zasypán a postupně tu vznikal městský park, o jehož finální podobu se zasloužil místní okrašlovací spolek Vesna. Na park, pojmenovaný později Husovy sady, neboť v něm byla v roce 1923 odhalena velká socha mistra Jana Husa od sochaře Jana Vítězslava Duška, pak navázal lesopark. Vede od údolí řeky Nežárky až ke kostelu sv. Jakuba, přestavěného na přelomu padesátých a šedesátých let 19. století Černíny z původního chátrajícího svatostánku, jenž později sloužil také místní vojenské posádce jako muniční sklad, na novogotický kostel s rodinnou hrobkou. K němu pak směřuje křížová cesta s několikrát obnovovanými kamennými zastaveními. Části lesoparku rozkládající se po obou březích Nežárky spojila lávka, která byla později pojmenována po dlouholetém jindřichohradeckém starostovi Naxerovi. Rovněž tuto část Jindřichova Hradce obohatila dvě velká sochařská díla, která ve dvacátých letech 20. století vznikla jako připomínka útrap první světové války. Pomník legionářů ani památník obětem války, jejichž autorem byl sochař Rudolf Kabeš, se však nedochovaly.