Rokem 1610 končí období rozkvětu Dačic spojeného s rodinou Krajířů z Krajku. Nový majitel panství Vilém Dubský z Třebomyslic přes snahu o lavírování mezi stavovskou opozicí a vítěznou císařskou mocí přišel po bitvě na Bílé Hoře o veškerý majetek, včetně dačického panství.
Císařská komora Dačice v roce 1623 prodala Lvu Burianu Berkovi z Dubé a Lipé, který z nich učinil své hlavní sídlo. Město i panství byly opakovaně postiženy průtahy a pobyty císařských vojsk, v pozdějších letech konfliktu také nuceným výpalným ze strany švédských žoldnéřů.
Není zjištěno, zda Lev Burian nebo po jeho smrti v roce 1626 syn Matyáš Ferdinand provedli nějaké stavební úpravy v dačickém zámku. Jak dokazuje korespondence obou šlechticů s dačickým úředníkem Jiříkem Kroužkem, ani jeden z nich v Dačicích příliš nepobýval a výraznější stavební zásahy tak lze spíše vyloučit. O majetek se po smrti Matyáše, který zemřel svobodný a bez závěti v roce 1644, přihlásila Matyášova matka, rozená Fürstenberková, i Berkové z české příbuzenské větve. Tím se otevřela cesta k dlouholetému soudnímu sporu, který rozhodl až soudní tribunál v Brně v roce 1673 ve prospěch Františka Antonína Berky z Dubé.
Významný mecenáš barokní kultury a milovník umění vlastnil Jablonné v Podještědí, Nemyslovice na Boleslavsku, Rychmburk, Slatiňany a Rosice na Chrudimsku, po vítězství v rozhodčím sporu roku 1673 se stal majitelem panství Dačic, Budišova a Nového Veselí. Diplomatické povinnosti jej vázaly v cizině a na svých statcích příliš nepobýval. Dačice ležící na polovině cesty mezi Prahou a Vídní nepochybně využíval při častých cestách z Čech do Vídně, zámek tak musel být vybaven pro ubytování jeho rozsáhlé suity i případných hostů, čemuž odpovídá vysoký počet ložnic zachycený v inventáři z roku 1714. Další podrobný inventář z roku 1744 zmiňuje v zámecké kapli obraz Blahoslavené Zdislavy, jejíž kult Berka prosazoval v Jablonném. Můžeme tedy předpokládat, že vybavení kaple prošlo určitou modernizací. Připomínkou Berkovy vlády v Dačicích jsou sochy sv. Prokopa a sv. Jana Nepomuckého z dílny dačického sochaře Matouše Kölbla na mostě přes řeku Dyji, ozdobené znakem Berků a vročením 1706. Jako patron klášterního kostela v Dačicích financoval pořízení hlavního oltáře, pro který objednal u malíře a sochaře Petera Strudela obraz sv. Antonína Paduánského.