Vzdělané, osvícené a veřejností vážené osobnosti se mezi duchovními správci v Jindřichově Hradci objevovaly v katolických církevních řádech, usedlých ve městě, jako byli němečtí rytíři, minorité, jezuité a františkáni, mezi faráři a později probošty a kaplany na faře, mezi katechety zdejších škol, v evangelické církvi i židovské náboženské obci.
Páni z Hradce povolali v 1. polovině 13. století na své dominium řád německých rytířů, aby kolonizoval území a pečoval o duchovní život obyvatel. První písemně připomínanou osobností je komtur hradecké řádové komendy Konrád jmenovaný na listině z roku 1269. O století později přišel do Jindřichova Hradce žebravý řád minoritů. Minorité dokončili stavbu kostela sv. Jana Křtitele a přilehlého kláštera, od poloviny 14. století byl budován nový hlavní farní kostel Nanebevzetí Panny Marie, k němuž přesídlili němečtí rytíři. Rozložení náboženských sil mezi katolíky a kališníky ve městě kolísalo. Oporou katolíků se stal v roce 1457 nově povolaný řád františkánů, který si vybudoval do konce 15. století na Novém městě klášter s kostelem sv. Kateřiny. Němečtí rytíři opustili město a v roce 1564 odešli i minorité. Ve druhé polovině 16. století panovala ve městě značná náboženská tolerance, v roce 1594 byl vysvěcen nově postavený utrakvistický kostel Nejsvětější Trojice. V témže roce Adam II. z Hradce na přání své manželky Kateřiny z Montfortu pozval do města jezuity a založil fundaci jezuitské koleje. V Jindřichově Hradci se za působení jezuitského řádu upevňovala katolická víra. Mezi zdejšími jezuity působila řada osobností, jimž jsou připisovány pedagogické a odborné zásluhy.
Péčí Viléma Slavaty obdržela v roce 1625 zdejší fara výsady infulovaného proboštství. Z téměř třech desítek duchovních, kteří se vystřídali v úřadu probošta, se do historie města zapsal v 17. století především zdejší rodák Ondřej Bartoloměj Fisírek (1633-1647) a Ital Jeroným Altan de Pozzi (1671-1695). V 18. století to byl Pankrác Quinodo (1710-1729) a Šimon Antonín Jandera (1755-1775). Jeho synovec farář František Xaver Jandera se stal duchovním a významným zdejším mecenášem, díky jehož odkazu bylo ve městě obnoveno v roce 1807 gymnázium. V 19. století nejvýrazněji ovlivňovali dějiny města proboštové Vojtěch Benedikt Juhn, Josef Zátka a Vilém Platzer. Z období samostatného Československa se o město výrazně zasloužil probošt Jan Vacek.
Ještě v 19. století byl Jindřichův Hradec výrazně katolickým česko-německým městem. Proces národního uvědomování a pronikání češtiny zde výrazně podpořili též duchovní, kteří působili jako učitelé a profesoři náboženství na jindřichohradeckých školách. Byli mezi nimi mnozí autoři českých učebnic, které tiskla zdejší Landfrasova tiskárna. Patřil k nim Jan Hřebeský, Alois Řečický, Jan Kypta, Jan Zátka a Jan Nepomuk Šrámek. V druhé polovině devatenáctého a ve dvacátém století se pak zdejší probošti, kněží a katechetové podíleli na rozvíjejícím se společenském životě, stáli v čele některých spolků a organizovali jejich činnost. Patřili k nim Jan Křtitel Gabriel i František Fau, který se výrazně zasloužil o uspořádání sbírek muzea.
Františkáni zůstali ve městě téměř pět století, za období svého působení pevně srostli s městem a prospívali mu jako katechetové, misionáři, kazatelé i zpovědníci. Františkán Otto Kröpfel vydal tiskem své paměti, Florian Březina sepsal monografii o zdejším klášteře.
Náboženská židovská obec existovala v Jindřichově Hradci od konce 13. století, kdy dostal Oldřich z Hradce od Václava II. povolení držet ve městě osm židů s rodinami. Již v 15. století je připomínán židovský hřbitov, v 18. století pak synagoga. Historii zdejších židů sepsal poslední místní rabín Michal Rachmuth.
Hradečtí evangelíci byli nuceni žít ve městě až do počátku 20. století bez veřejných projevů své víry. Tato nepříznivá situace vygradovala v roce 1904 a následovaly přestupy některých místních věřících z katolické do evangelické církve, vznik evangelické stanice a později sboru a především stavba evangelického kostelíka v roce 1906. Významnými představiteli zdejší evangelické církve byl farář Pavel Ferdinand Lanštják a Bohumil Skalák, který působil u sboru v letech 1929-1960.